|
|
Prediction of Transposons in DNA
Černohub, Jan ; Vogel, Ivan (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
The paper offers brief introduction into DNA with focus on transposable elements also know as transposons and how do they relate to the ongoing research into biology - seen mainly from the bioinformatics point of view. The goal is to research past and concurrent tools and algorithms that were developed for transposon detection in sequenced genomes. Based on the surveyed designs a proposal for long terminal repeat transposons oriented tool is created and implemented.
|
|
|
Viry a jaderný cytoskelet
Cibulka, Jakub ; Forstová, Jitka (vedoucí práce) ; Šťovíček, Vratislav (oponent)
Jaderný cytoskelet (nukleoskelet) zajišťuje strukturní integritu jádra a účastní se řady klíčových procesů včetně transkripce, remodelace chromatinu nebo transportu mRNA. Je tvořen jadernými laminy, jaderným aktinem a dalšími proteiny. Některé viry replikující se v jádře využívají jaderný cytoskelet v některých fázích životním cyklu, v jiných případech naopak může představovat pro virovou infekci překážku. Herpesviry potřebují jaderný aktin ke skládání a transportu virových kapsid. V úniku z jádra jim však brání jaderná lamina, kterou musí rozrušit. U bakulovirů se jaderný aktin také podílí na správné morfogenezi kapsid a pravděpodobně i na jejich exportu z jádra. U některých retrovirů byl ukázán transport nesestřižených RNA z jádra pomocí jaderného aktinu a existují i důkazy o jimi indukované destrukci jaderné laminy. V této práci se podrobně zabývám interakcemi virů (výše zmíněných čeledí) s jaderným cytoskeletem (konkrétně s jaderným aktinem a laminy).
|
|
|
Význam sumoylace pro infekci vybranými viry replikujícími se v buněčném jádře
Sejpková, Marie ; Forstová, Jitka (vedoucí práce) ; Frydrýšková, Klára (oponent)
Tato práce pojednává o vzájemném působení virů a hostitelské buňky ve vztahu k procesu sumoylace. Hlavním cílem je poukázat na ovlivnění jak replikační strategie daného viru, tak buněčného cyklu tímto mechanismem. Sumoylace je z hlediska řízení buňky klíčový proces, který zasahuje do hlavních drah regulace zahrnujících například p53, PML tělíska či epigenetické změny chromatinu. Pro virus má význam ve stabilizaci jeho proteinů, což ovlivňuje dobu jejich působení a přesnější načasování jednotlivých fází replikačního cyklu. Jedním z pohledů může být vlastní soutěž o SUMO protein (small ubiqitin like modifieder) mezi buňkou a virem. Z hlediska viru v konečném důsledku vyústí sumoylace v potlačení antivirové obrany buňky, regulaci samotného buněčného cyklu, a to zejména během indukce apoptózy, a obecně k lepšímu šíření onemocnění. Objevených proteinů a jevů souvisejících se sumoylací neustále přibývá, stejně tak jako počet virů, které sumoylaci využívají. Využití či zneužití sumoylace virem ukazuje další možnost v manipulaci s buňkou a schopnost viru zasahovat do relativně stále neprobádaného stupně buněčné regulace.
|
|
|
POSITIVE AND NEGATIVE HOST FACTORS OF AVIAN SARCOMA AND LEUKOSIS VIRUSES
Krchlíková, Veronika ; Elleder, Daniel (vedoucí práce) ; Růžek, Daniel (oponent) ; Španielová, Hana (oponent)
Identifikace a charakterizace hostitelských faktorů, které umožňují, nebo inhibují virovou replikaci, představuje významný směr ve virologickém výzkumu. V této práci se zaměřujeme na takovéto hostitelské faktory u ptačích buněk. Kuřecí Tva, receptor pro podskupiny A a K ptačích sarkomových a leukózových virů (avian sarcoma and leukosis virus, ASLV), byl určen jako ortolog lidského receptoru pro transport kobalaminu (cobalamin, Cbl). Zde popisujeme transport Cbl v kuřecích buňkách a jeho závislost na Tva. Dále charakterizujeme in vivo kuřecí knockout Tva. Kuřecí Tvb receptor zprostředkuje infekci ASLV podskupinami B, D a E. Již dříve byl prokázán jeho vliv na virem indukovaný cytopatický efekt. V této práci identifikujeme přirozený ligand Tvb a zkoumáme jeho účast v apoptóze. RIG-I-like receptory (RLR) jsou klíčová rodina cytosolových sensorů virové RNA. Jejich aktivace vede k ustavení protivirového stavu buňky. V této práci popisujeme opakované evoluční ztráty RLR genů u ptáků: ztrátu MDA5 u dvou řádů ptáků a ztrátu RIG-I u mnoha ptačích druhů. Tetherin je protivirový restrikční faktor blokující uvolňování nově vytvořených virových partikulí. Zde jsme identifikovali ortology tetherinu u ptáků a popsali protivirovou aktivitu proti ASLV u tetherinu z hrabavých ptáků (Galliformes). Dále jsme...
|
|
|
Reportérový expresní systém pro studium umlčování integrovaného proviru v transkribované oblasti genu
Slavková, Martina ; Hejnar, Jiří (vedoucí práce) ; Španielová, Hana (oponent)
Retrovirové vektory jsou používány jako nástroj vkládání rekombinantních genů do genomu příjemce genové terapie. Při konstrukci takových vektorů je kladen důraz na bezpečnost a účinnost. I přes velké pokroky v konstrukci retrovirových resp. lentivirových vektorů pro genovou terapii za účelem stabilizace jejich exprese, jako vkládání ochranných elementů do virových regulačních sekvencí, nejsou dosavadní přístupy stále dostatečně účinné a většina integrovaných provirů je transkripčně umlčována. Pochopení mechanismu umlčování provirů je tedy kritické pro efektivní manipulaci s retrovirovými vektory a pro optimalizaci jejich struktury. V předkládané magisterské práci navrhuji a vytvářím expresní systém sloužící ke studiu umlčování provirů integrovaných do transkribovaných oblastí genů. Tento arteficiální systém bude později využit k testování hypotézy, že proviry integrované do transkribovaných oblastí genů jsou umlčovány při transkripčním pročtení z hostitelského genomu do provirů mechanismem závislým na aktivitě de novo DNA metyltransferáz. Mnou získané předběžné výsledky naznačují na platnost této hypotézy, ale potvrzení její obecné platnosti bude součástí dalšího studia v laboratoři. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Význam sumoylace pro infekci vybranými viry replikujícími se v buněčném jádře
Sejpková, Marie ; Forstová, Jitka (vedoucí práce) ; Frydrýšková, Klára (oponent)
Tato práce pojednává o vzájemném působení virů a hostitelské buňky ve vztahu k procesu sumoylace. Hlavním cílem je poukázat na ovlivnění jak replikační strategie daného viru, tak buněčného cyklu tímto mechanismem. Sumoylace je z hlediska řízení buňky klíčový proces, který zasahuje do hlavních drah regulace zahrnujících například p53, PML tělíska či epigenetické změny chromatinu. Pro virus má význam ve stabilizaci jeho proteinů, což ovlivňuje dobu jejich působení a přesnější načasování jednotlivých fází replikačního cyklu. Jedním z pohledů může být vlastní soutěž o SUMO protein (small ubiqitin like modifieder) mezi buňkou a virem. Z hlediska viru v konečném důsledku vyústí sumoylace v potlačení antivirové obrany buňky, regulaci samotného buněčného cyklu, a to zejména během indukce apoptózy, a obecně k lepšímu šíření onemocnění. Objevených proteinů a jevů souvisejících se sumoylací neustále přibývá, stejně tak jako počet virů, které sumoylaci využívají. Využití či zneužití sumoylace virem ukazuje další možnost v manipulaci s buňkou a schopnost viru zasahovat do relativně stále neprobádaného stupně buněčné regulace.
|
|
|
Epigenetická regulace retrovirů.
Dobšová, Martina ; Trejbalová, Kateřina (vedoucí práce) ; Drda Morávková, Alena (oponent)
Retrovirus HIV-1 se během svého životního cyklu integruje do hostitelského genomu, ERVWE1 (syncytin-1) je v lidském genomu přítomen stabilně. Jako součást genomu podléhají epigenetickým regulacím jako jsou methylace DNA a acetylace a methylace histonů. U HIV-1 je deacetylace histonů a hypermethylace DNA v promotorových oblastech spojena s ustavením latentního stavu viru. Latentní rezervoár HIV-1 v paměťových CD4+ T-buňkách je zásadním problémem při antiretrovirové terapii (HAART), protože tento rezervoár zůstává léčbou nedotčen. V případě syncytinu-1 vede hypermethylace DNA v promotorové oblasti k jeho transkripčnímu umlčení. To je důležité při tkáňově specifické regulaci, protože za fyziologických podmínek dochází k expresi syncytinu-1 pouze v placentě, kde je výrazně snížená methylace DNA v promotorové oblasti. V dalších tkáních, jako je tkáň varlat, je zvýšená exprese syncytinu-1 spojena s nádory buněk germinální linie a s hypomethylací jeho promotoru. Epigenetická regulace retrovirů pomocí methylace DNA a chromatinových modifikací se výrazně podílí na regulaci exprese těchto retrovirů. Součástí bakalářské práce je i praktická část, která se zabývá klonováním kódující sekvence syncytinu-1 do expresního plasmidu, následnou transfekcí do buněčné linie HCT 1- 3B- a měřením hladiny exprese v...
|
|
|
Viry a jaderný cytoskelet
Cibulka, Jakub ; Forstová, Jitka (vedoucí práce) ; Šťovíček, Vratislav (oponent)
Jaderný cytoskelet (nukleoskelet) zajišťuje strukturní integritu jádra a účastní se řady klíčových procesů včetně transkripce, remodelace chromatinu nebo transportu mRNA. Je tvořen jadernými laminy, jaderným aktinem a dalšími proteiny. Některé viry replikující se v jádře využívají jaderný cytoskelet v některých fázích životním cyklu, v jiných případech naopak může představovat pro virovou infekci překážku. Herpesviry potřebují jaderný aktin ke skládání a transportu virových kapsid. V úniku z jádra jim však brání jaderná lamina, kterou musí rozrušit. U bakulovirů se jaderný aktin také podílí na správné morfogenezi kapsid a pravděpodobně i na jejich exportu z jádra. U některých retrovirů byl ukázán transport nesestřižených RNA z jádra pomocí jaderného aktinu a existují i důkazy o jimi indukované destrukci jaderné laminy. V této práci se podrobně zabývám interakcemi virů (výše zmíněných čeledí) s jaderným cytoskeletem (konkrétně s jaderným aktinem a laminy).
|
|
|
Prediction of Transposons in DNA
Černohub, Jan ; Vogel, Ivan (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
The paper offers brief introduction into DNA with focus on transposable elements also know as transposons and how do they relate to the ongoing research into biology - seen mainly from the bioinformatics point of view. The goal is to research past and concurrent tools and algorithms that were developed for transposon detection in sequenced genomes. Based on the surveyed designs a proposal for long terminal repeat transposons oriented tool is created and implemented.
|
host ::
RSS.